Lecz wskutek śmierci w 1278 roku odniesionej w bitwie pod Suchymi Krutami, stracił panowanie nad Austrią, która przeszła pod panowanie Habsburgów na 640 lat.
Początki panowania Habsburgów thumb|upright=1.2|Jan Matejko, Zjazd królów Jagiellonów z cesarzem Maksymilianem pod Wiedniem, 1879 Panowanie Habsburgów w Austrii zaczynał zwycięzca spod Suchych Krut Rudolf I Habsburg. Następcą Rudolfa został Albrecht I Habsburg, który próbował przejąć władzę w Czechach i zostać cesarzem. Habsburgowie prowadzili politykę dynastyczną, czego rezultatem było m.in. małżeństwo Elżbiety Rakuszanki z królem polskim Kazimierzem Jagiellończykiem. Prowadzili politykę dążącą do zdobycia tronów dla własnej dynastii, czego skutkiem były traktaty z Wiednia z 1515 roku pomiędzy nimi a Jagiellonami. Wskutek klęski wojsk Ludwika II pod Mohaczem w 1526 roku państwo Habsburgów stało się jednym z najpotężniejszych państw w Europie, ponieważ śmierć króla Węgier spowodowała, że wkrótce ziemie Czech i Węgier dostały się pod panowanie Habsburgów. Jej przedstawiciel cesarz Karol stał się jednym z najpotężniejszych władców, a zarazem głównym obrońcą jedności katolickiej. Wskutek niepowodzeń musiał on abdykować w 1556 roku po pokoju w Augsburgu w 1555 roku.