W 1939 roku wyszła za mąż za Marcela Leibovici, żydowskiego pianistę z grupy Folies Bergere. W trakcie wojny urodziła dwóch synów: Patryka (1939) i Francisa (1941). Gdy Niemcy zaatakowali Francję, będąc jeszcze w ciąży z Francisem, została internowana w obozie w Besançon. Udało jej się uzyskać interwencję irlandzkiego dyplomaty i jako obywatelka Irlandii została uwolniona. Jej mąż został w tym czasie aresztowany i zesłany do obozu tranzytowego w Gurs. Udało mu się jednak zbiec i ukrywać w Paryżu do końca wojny. W tym czasie Margaret zapewniała mu żywność i pranie, wielokrotnie ryzykując przy tym własne życie. Była przesłuchiwana przez Gestapo, podejrzewające ją o ukrywanie męża, ale udało jej się uwolnić od zarzutówNekrolog w The IndependentArtykuł w Poynter Online.
thumb|240px|Margaret Kelly z synem Francisem
thumb|240px|Margaret Kelly z dziewczętami z zespołu Bluebell Girls, rok 1948