W wyborach z 1923 KPE startowała pod szyldem Jednolitego Frontu Pracujących i uzyskała 10 mandatów w Riigikogu, jednak rychło te mandaty zostały unieważnione przez estońskie sądy. W latach 1920–1924 odbyło się około 70 procesów wymierzonych w działaczy komunistycznych – oskarżano ich o zdradę stanu i szpiegostwo na rzecz Moskwy (w 1922 stracono np. Viktora Kingisseppa, I sekretarza KPE). Największy proces komunistycznych polityków miał miejsce pod koniec listopada 1924, gdy skazano 149 działaczy Międzynarodówki Komunistycznej.
1 grudnia 1924 Komunistyczna Partia Estonii zgodnie z instrukcjami RKP(b), pod kierownictwem Jaana Anvelta, przeprowadziła próbę zbrojnego przewrotu, zajmując m.in. dwa dworce kolejowe w Tallinnie i pocztę, nie zdążyła jednak poprosić o pomoc zmobilizowanej i stacjonującej tuż pod estońską granicą armii czerwonej, przez co pucz został szybko stłumiony przez wojska rządowe. Komunistyczne powstanie zakończyło się represjami na niespotykaną dotąd skalę – łącznie stracono kilkuset działaczy komunistycznych i osób podejrzewanych o sprzyjanie przewrotowi. Od tego czasu działalność estońskich komunistów praktycznie zamarła, a ZSRR zrezygnował z planów zbrojnego opanowania Estonii.