Położył szczególne zasługi w zwalczeniu w 1554 epidemii dżumy we Wrocławiu. Jego pionierska praca z tego zakresu pt. „Ordnung ader Präservation zur Zeit der Pest” (z 1555 r.) miała przełomowe znaczenie w dziejach medycyny i epidemiologii. Od 1560 r. sprawował kolejno funkcję osobistego lekarza (niem. Leibarzt) 3 cesarzy z rodu Habsburgów: Ferdynanda I, Maksymiliana II i Rudolfa II, pozostając na tym stanowisku aż do emerytury w 1580 r., kiedy to wrócił do Wrocławia. Zastąpił go jego uczeń i protegowany, również wrocławianin Peter Monau.
Wokół Johannesa Cratona von Krafftheim zgromadził się krąg humanistów, który wywarł znaczny wpływ na dwór habsburski. Należeli do niego bracia: Jakub Monau – poeta, Peter Monau (jego brat) – lekarz oraz Andreas Dudith – astronom. Flamandzki filozof Justus Lipsius opisał swoich trzech przyjaciół: Cratona, Monaua i Duditha jako tres stellae in una iam urbe – trzy gwiazdy w tym jednym mieście (Wrocławiu). Sam Craton, używając przywileju korzystania z cesarskiej poczty, prowadził rozległą korespondencję z czołowymi postaciami ówczesnej nauki w Europie. Wśród jego korespondentów byli Hieronim Mercurialis (II poł.