Był członkiem grup poselskich Europa Demokracji i Różnorodności (V kadencja) oraz Niepodległość i Demokracja (VI kadencja, pełnił funkcję przewodniczącego i współprzewodniczącego). W 2009 kierowana przez niego partia uzyskała 16,8% (2,7 mln) głosów w wyborach europejskich, co dało jej taką samą reprezentację w PE jak Partia Pracy. Utrzymał wówczas mandat eurodeputowanego, w VII kadencji PE został współprzewodniczącym frakcji Europa Wolności i Demokracji oraz członkiem Komisji Rybołówstwa. 24 lutego 2010 podczas sesji Parlamentu Europejskiego zarzucił ówczesnemu przewodniczącemu Rady Europejskiej Hermanowi Van Rompuyowi brak legitymizacji pełnionego urzędu, a także ogólną niedemokratyczność struktur unijnych, używając przy tym takich określeń jak „charisma of a damp rag”, co w polskich mediach zostało przetłumaczone jako „charyzma mokrego mopa”.

6 maja 2010 (w dniu głosowania w wyborach do parlamentu brytyjskiego) uczestniczył w wypadku lotniczym awionetki w Northamptonshire, doznając niegroźnych obrażeń. W listopadzie 2010 został ponownie wybrany na lidera UKIP (otrzymał 60,5% głosów, pokonując Tima Congdona, Davida Campbella Bannermana i Winstona McKenziego).