W czasie Potopu szwedzkiego w latach 1655-1657 kościół został zdewastowany, lecz do końca XVII wieku świątynię odnowiono. W 1700 roku przeniesiono do kościoła XV wieczną gotycką figurę Madonny z Kębła. Po kasacie zakonu benedyktynów w 1819 roku kościół popadł w ruinę i w 1843 roku wzmiankowano, że nie posiada dachu. Wyremontowano go w 1853 roku.
W związku z budową nowego kościoła na początku XX wieku, zniszczoną już część frontową starego kościoła rozebrano, jednak zachowano jego najstarszą część średniowieczną w postaci gotyckiego prezbiterium (obecnie otynkowanego). Sklepienie jest ozdobione w stylu tzw. Renesansu lubelskiego – składa się na nie polichromowana dekoracja sztukatorska i polichromowane sklepienie kolebkowe. Sklepienie poddano renowacji konserwatorskiej w 2009 roku. W 1984 roku do gotyckiej części dobudowano od frontu nową część. Obecnie w dawnym kościele mieści się Sanktuarium Matki Boskiej Kębelskiej. Kaplica jest najstarszym zachowanym budynkiem w Wąwolnicy.