Działalność Macierz Czeska powstała przy Czeskim Muzeum jako fundusz wydawniczy. Pierwotnie Muzeum Narodowe powołało Kuratorium, którego zadaniem było nauczanie języka i literatury czeskiej. Kuratorium zarządzało również funduszem pieniężnym nazwanym Macierz. W 1832 roku Macierz rozpoczęła prace wydawnicze. Wraz z pojawieniem się innych czeskich wydawnictw, zwłaszcza po 1848 roku, zmniejszyło się znaczenie Macierzy. W 1866 roku wydawnictwo został przekształcone w Towarzystwo, które uzyskało niezależność. Przez sto lat swojego istnienia, wydawnictwo opublikowało 194 tytuły z różnych dziedzin nauki.
W 1949 roku Towarzystwo zostało rozwiązane. W 1952 roku zabroniono Macierzy wydawania książek. Wydawnictwu groziła całkowita likwidacja. Towarzystwo Przyjaciół Muzeum Narodowego próbowało ratować wydawnictwo przekształcając je w wydział swojej organizacji. W 1968 roku Macierz Czeska, wspólnie z Muzeum Narodowym, ponownie próbowała uzyskać prawa wydawnicze. Z powodów politycznych nie zostały przyznane.
Dopiero w 1990 roku wydawnictwo zostało przywrócone jako wydział Biblioteki Muzeum Narodowego. Z powodów finansowych pierwsza publikacja została wydana w 2005 roku.