1 września 2001 r. nastąpiło przekształcenie Instytutu Prawa i Administracji w odrębny Wydział Prawa i Administracji. Na skutek tego Wydział Zarządzania i Administracji powrócił do swojej poprzedniej nazwy – Wydział Zarządzania oraz do jednego kierunku nauczania. 1 stycznia 2004 roku Wydział przyjął nową nazwę Wydział Nauk Ekonomicznych, a 1 października tegoż roku uruchomiono drugi kierunek – Ekonomię. W 2007 r. dokonano również zmiany nazwy kierunku Zarządzanie i marketing na Zarządzanie. Od 2008 WNE zlokalizowany został w nowej siedzibie. Z Wydziału kształcącego na studiach licencjackich na jednym kierunku studiów stał się Wydziałem, który kształci studentów na dwóch kierunkach – ekonomia i zarządzanie na poziomie magisterskim. W 2011 r. został uruchomiony kierunek – Zarządzanie i inżynieria produkcji, natomiast w 2024 roku uruchomiono kierunek – Logistyka.
25 września 2006 roku Wydział uzyskał prawa akademickie do nadawania stopnia naukowego doktora nauk społecznych w dyscyplinie ekonomia.