Zasady zawarł w dziele Logika neboli Umnice (1820, opracowana 1844), w którym opracował kompletną terminologię filozoficzną i naukową, między innymi takie słowa jak: wiedza, przedmiot, powierzchnia, zakres, gatunek, opinia, hipoteza.
Swoje wszechsłowiańskie zainteresowania wyraził między innymi w 1833 roku w artykule dotyczącym Słowian, gdzie widział przyszłość narodu czeskiego w połączeniu się z Polakami i Rosjanami. Jako poetę można zaliczyć Marka do poprzedników Jana Kollára, gdyż wyrażał obawę o losy narodu czeskiego. Przełożył m.in. Schillera i Owidiusza, a 1823 roku opublikował Komedię omyłek Williama Shakespeare’a. Przełożył też wiele dzieł z języka rosyjskiego, głównie etnograficznych.
Poezja Má vlasť, 1807 – poemat Marek Jungmannowi, 1814, 1820 Píseň k pokoji – poemat Sebrané básně – tom poezji
Hymny Prosba k Bohu v nouzi nynější Píseň za ourodu
Ody Na Trosky
Elegie U hrobu Fortunata Durycha Na hřbitově U hrobu mateře
Dzieła filozoficzne Logika nebo umnice, 1820, opracowana 1844 Základní filosofie. Logika.