W 1595 r. świątynię konsekrowano, a w 1611 r. dobudowano do niej ceglaną kaplicę św. Anny. Budowla została spalona przez Szwedów za panowania króla Jana Kazimierza, spłonęła także w latach 1683 i 1755, podczas pożarów Jasła. W 1743 r. węgierscy rzemieślnicy remontowali kościół, a 1784 r. zlikwidowano przykościelny cmentarz. Według zapisu z inwentarza z 1792 r., kościół posiadał już wówczas dwie kaplice, poświęcone św. Annie i NPM. Stanisław Tomkowicz widział pod emporą i zanotował datę 1793. Na przełomie XVIII i XIX w. powstać miały (niezachowane) wewnętrzne przypory i wspierające się na nich sklepienie żaglaste na gurtach.
W 1871 r. miały miejsce prace mające na celu powiększenie kościoła o dwie boczne nawy, poprzestano jednak na założeniu fundamentów. W 1883 r. miały z kolei miejsce prace restauratorskie – wzniesiono ogniotrwały mur pomiędzy nawą a prezbiterium, odnowiono fasadę, nakryto sklepieniami babiniec i skarbiec oraz wymieniono wiązania dachu i jego pokrycie na blachę cynkową.