Pierwszą osobą, która bliżej się nimi zainteresowała i odniosła kilka sukcesów, był agent specjalny Arthur Dales (5x15 Travelers) 1990: agent specjalny Fox Mulder zaczyna interesować się sprawami. Oficjalnie przekształca je w komórkę FBI. W śledztwach pomaga mu jego dziewczyna, Diana Fowley. Gdy para decyduje się zakończyć związek, Fowley wyjeżdża za granicę, a Mulder zostaje w Archiwum sam (1x00 Pilot, 5x20 The End) 1992: naczelnik Scott Blevins, przydziela Mulderowi oficjalną partnerkę; agentkę specjalną Danę Scully. Jej zadaniem jest kontrolowanie poczynań Muldera i doprowadzenie do zamknięcia niewygodnego dla wszystkich wydziału. Pierwsze wspólne śledztwo duet rozpoczyna 6 marca (1x00 Pilot, 9x20 The Truth) 1994: Archiwum X zostaje zamknięte. Partnerzy zostają rozdzieleni. Mulderowi zostaje przydzielony nowy partner; młody agent Alex Krycek. Mulder jednak wciąż interesuje się tajemniczymi sprawami i potajemnie utrzymuje kontakt ze Scully, korzystając z jej pomocy w śledztwach (1x24 The Erlenmeyer Flask - 2x05 Duane Barry). Wkrótce zastępca dyrektora FBI;