W roku 2002 przeprowadzono kolejną reformę szkolnictwa, wprowadzając trzyletnie licea. W roku 2004, po odwołanym dyrektorze Januszu Łoniewskim, dyrektorem szkoły w wyniku konkursu została Marzanna Zmysłowska. W roku 2012 obchodzono 100 lecie powstania szkoły oraz dwusetną rocznicę urodzin patrona. W tym samym roku odbył się XIII jubileuszowy zjazd absolwentów „Krasiniaka” podczas którego m.in. odsłonięto w holu szkoły tablicę pamiątkową.
7 listopada 2012 w I LO im. Z. Krasińskiego w obecności przedstawicieli wojewody mazowieckiego, władz powiatowych i samorządowych, odbyła się uroczystość w związku ze Świętem Niepodległości podczas której komendant Wojskowej Komendy Uzupełnień w Ciechanowie ppłk Dariusz Kosakowski wyróżnił mianowaniem na wyższe stopnie wojskowe (na stopień porucznika: ppor Mikołaj Hałyno) oraz odznaczeniem Gwiazda Iraku żołnierzy w rezerwie, w tym ppłk. rez. Mariusza Szymańskiego (komendant poligonu Orzysz w latach 2009-2010, obecnie Komendant Straży Miejskiej w Ciechanowie). W roku 2012 było w placówce 27 oddziałów szkolnych. Od roku 2005 do 2023 szkoła miała 67 laureatów i finalistów olimpiad. I Liceum przystąpiło do programu współpracy ze szkołami Unii Europejskiej: Socrates-Comenius.