Działalność duchownego przypada na drugą połowę XIX wieku, czyli na okres niemieckiego kulturkampfu, podczas którego wielu duchownych było aresztowanych, a część z nich zmuszono do opuszczenia kraju. Wiele kościołów zostało ograbionych i zamkniętych. Skutki tej polityki dotknęły również samego Janssena. W związku z represjami zdecydował się na emigrację. Nabył gospodę w Steyl (Holandia), by utworzyć tam seminarium dla prześladowanych w okresie Kulturkampfu, niemieckich księży. 8 września 1875 roku seminarium zostało poświęcone jako „Dom Misyjny św. Michała Archanioła” (późniejszy dom macierzysty Werbistów). 15 czerwca 1876 roku po podpisaniu Statutu Domu Misyjnego złożył, wraz z Janem Anzerem śluby zakonne - czystości, ubóstwa i posłuszeństwa.
Od 1885 pełnił obowiązki dożywotniego Przełożonego Generalnego Zgromadzenia. Pierwszymi misjonarzami wysłanymi do Chin, tam przygotowanymi do pracy, byli Józef Freinademetz i Jan Baptysta Anzer.