Dowódcy Wojsk Specjalnych gen. dyw. Edward Gruszka (1 I 2007 – 15 VIII 2007) gen. dyw. Włodzimierz Potasiński (15 VIII 2007 – † 10 IV 2010) gen. bryg. Marek Jerzy Olbrycht (p.o. 10 IV – 15 VIII 2010) płk / gen. bryg. Piotr Patalong (15 VIII 2010 – 31 XII 2013, rozformowanie Dowództwa WS)
Ustawa z 21 czerwca 2013 r. o zmianie ustawy o urzędzie Ministra Obrony Narodowej oraz niektórych innych ustaw zlikwidowała stanowisko Dowódcy Wojsk Specjalnych. Od 1 stycznia 2014 r. dowódcami rodzajów Sił Zbrojnych są Dowódca Generalny Rodzajów Sił Zbrojnych i Dowódca Operacyjny Rodzajów Sił Zbrojnych, którym podlegają poszczególne jednostki wojskowe. Dowódca Generalny Rodzajów Sił Zbrojnych jest następcą prawnym Dowódcy Wojsk Specjalnych.
Dowodzenie od 1 stycznia 2014 r. Centrum Operacji Specjalnych – Dowództwo Komponentu Wojsk Specjalnych (COS-DKWS) funkcjonuje od 3 sierpnia 2015 roku i powstało w wyniku kolejnych zmian będących następstwami reformy systemu kierowania i dowodzenia Siłami Zbrojnymi RP, wprowadzonej 1 stycznia 2014 roku. DKWS podlega bezpośrednio Dowódcy Generalnemu Rodzajów Sił Zbrojnych. W strukturze Dowództwa Generalnego Rodzajów Sił Zbrojnych (DG RSZ) znajduje się Inspektorat Wojsk Specjalnych (IWS), który stanowi komórkę wewnętrzną DG RSZ.