Od czasu powołania Muzeum Katedralne stale powiększa ekspozycję, prezentując głównie niedostępne wcześniej dla zwiedzających przedmioty pochodzące ze Skarbca Katedralnego, paramenta liturgiczne, dzieła sztuki i pamiątki historyczne. Organizuje również wystawy czasowe, prezentujące m.in. unikatowe dokumenty i starodruki przechowywane w Archiwum Kapituły Katedralnej, a także uczestniczy w licznych projektach, jak wystawa "Wawel 1000–2000", prezentująca ponad tysiącletnią historię wzgórza wawelskiego.
Ekspozycje Zbiory muzeum mieszczą się w salach dwóch kondygnacji Domu Katedralnego i stanowią jedną z najcenniejszych pod względem historycznym i artystycznym kolekcji w Polsce. Ekspozycja stała obejmuje przedmioty z różnych epok, prezentowane nie w sposób chronologiczny, lecz w zależności od pochodzenia i wykorzystania w jednej z czterech sal:
sala królewska – obejmująca fundacje królewskie dla katedry oraz przedmioty związane z koronacjami i pochówkami królewskimi – m.in. włócznia św. Maurycego, racjonał biskupów krakowskich fundacji św.