Charakterystyczną cechą północnej części Sudanu jest występowanie gwałtownego wiatru pustynnego (habubu), na południu częste burze do 80 dni w roku.
Wody thumb|Bieg Nilu Białego i Nilu Błękitnego łączącego się w Chartumie, jest to główna rzeka Sudanu Większość rzek należy do dorzecza Nilu. Nieliczne wyjątki stanowią cieki okresowe na obszarach bezodpływowych, w północno-wschodniej części kraju niosą one wodę zaledwie kilka dni. Gęsta sieć cieków występuje na wschodnich stokach wyżyn. Największym, który opuszcza terytorium Sudanu, jest Wadi Azum. Osią sieci hydrograficznej Sudanu jest Nil (na terytorium Sudanu około 3775 km). Południowy odcinek, ze względu na szybki spadek i wyraźnie wciętą dolinę jest nazywany Nilem Górskim. Od ujścia rzeki Bahr al-Ghazal płynie szerokim korytem jako Nil Biały, na wysokości Chartumu Nil Biały łączy się z Nilem Błękitnym. Od tego miejsca rzeka płynie już jako Nil. Największe prawobrzeżne dopływy Nilu spływają z Wyżyny Abisyńskiej. Większym dopływem lewobrzeżnym Nilu na terenie Sudanu jest Bahr al-Ghazal. W północnej części kraju Nil pokonuje krystaliczny próg Bajjuda. Na tym odcinku rzeka tworzy liczne bystrza i katarakty.