egzekutorzy testamentu zaplanowali przebudowę Manierystyczną mauzoleum zmarłego biskupa krakowskiego Andrzeja Zebrzydowskiego zaprojektował Jana Michałowicza z Urzędowa. Wznoszącą się na rzucie kwadratu bryłę budowli tworzyła kondygnacja dolna oraz kopuła z latarnią. Jan Michałowicz wykonał również nagrobek biskupa. W 1675 r. dodano epitafium Zebrzydowskich, m.in. Mikołaja Zebrzydowskiego. Kaplicę przebudowano w XVIII w., usuwając wówczas kopułę z latarnią, ołtarz, odrzwia i obramowanie okna. Kolejnej restauracji dokonano w latach 1900–1901 według projektu Sławomira Odrzywolskiego. Wtedy to wykorzystano fragmenty oryginalnej dekoracji, znalezionej w XIX w. i zrekonstruowano arkadę wejściową oraz wejściową, obramienie okna, a także fryz. W 1904 r. powstał nowy ołtarz, wykonany przez Piotra Bazzantiego z Florencji. Gen. Cezaremu Hallerowi poświęcono natomiast tablicę pamiątkową, dłuta Konstantego Laszczki, którą umieszczono w kaplicy 1919 r.