W porę wojsko odwróciło jego uwagę świetlnymi bombami, co ujawniło, że ma patagia między kończynami, dzięki czemu poszybował w powietrzu.
Niedługo po tym Varan kierował się Zatoką Tokijską w stronę Tokio, wciąż mając przewagę nad wojskiem. Podczas posiedzenia wojskowego dr Fujimura prezentuje film z wynalezionego przez niego prochu 20 razy silniejszego od dynamitu jako broni przeciw Varanowi, jednocześnie wątpi w powodzenie planu zaznaczając, że ma szansę się udać, jeśli proch znajdzie się w środku potwora. Mimo to Japońskie Siły Samoobrony postanowiły przeciwdziałać atakowi potwora.
Varan został zwabiony na lotnisko Haneda i tam potraktowany pociskami. Przeciwko niemu została zdetonowana ciężarówka z prochem Fujimury, która ogłuszyła jedynie na moment. Ostatecznie za radą profesora Sugimoto bomby wypełnione materiałem wybuchowym Fujimury zostały rzucone na żer Varanowi. To spowodowało wybuch zmuszający Varana do powrotu do wody, gdzie zginął w wyniku drugiego wybuchu.