Wypływa bezimienny ciek, który po połączeniu z dopływem wypływającym z jeziora Glinna Wielka stanowi rzekę Krzekna.
W pobliżu wypływu cieku z jeziora, przy południowym brzegu jeziora znajdują się dwa grodziska wczesnośredniowieczne: bliżej jeziora znajduje się rozległe grodzisko podkowiaste, które z trzech stron otaczał słabo dziś widoczny wał obronny, a z czwartej grodzisko otwierało się na jezioro; 100 metrów dalej na południe znajduje się grodzisko stożkowe, którego wysokość wynosi 42,7 m n.p.m., od zachodu znajduje się usytuowane niżej podgrodzie. Prawdopodobnie było siedzibą możnego rodu Świętoborzyców – władców ziemi kołbackiej i pyrzyckiej.
Z istnieniem jeziora Zgniły Grzyb powiązane są liczne legendy.
Uchwałą Rady MiG Gryfino z dn. 19 października 1995 r. powołano użytek ekologiczny „Zgniły Grzyb”, w skład którego wchodzi jezioro wraz z terenem źródłowym rzeki Krzekny oraz okolicznymi polami, łąkami uprawnymi i nieużytkami. Ma on powierzchnię 50,25 ha i leży w granicach Szczecińskiego Parku Krajobrazowego „Puszcza Bukowa”.