Historia powstania W lutym 2000 decyzją Zarządu Miasta powołano Muzeum Bursztynu jako oddział Muzeum Historycznego Miasta Gdańska (obecnie Muzeum Gdańska). Rozpoczęto od podstaw kompletowanie zbiorówGrążawska J., 2009: Nowożytne zabytki w kolekcji Muzeum Bursztynu w Gdańsku. W: Bursztyn, t. 2. Gdańsk-Warszawa 2010. . Na potrzeby muzeum zostały wówczas zaadaptowane wszystkie piętra Wieży Więziennej. W czerwcu 2006 roku Muzeum Bursztynu zainaugurowało swoją działalność, mając 439 m² powierzchni wystawienniczejBigoś-Bojarska M., 2007: Historia Zespołu Przedbramia ulicy Długiej, adaptacja zabytkowego obiektu na potrzeby nowoczesnego Muzeum Bursztynu, realizacja w latach 2000-2006. W: Muzeum Bursztynu, strony 8-10. Wyd.: Muzeum Historycznego Miasta Gdańska. <. Kolekcja muzeum obejmowała (stan przed 2012 r.) 2000 okazów naturalnego bursztynu (w tym inkluzji organicznych w bursztynie, m.in. gekona, ptasznika, solfugi), 675 współczesnych dzieł sztuki i wyrobów z bursztynu oraz siedem zabytkowych przedmiotów z bursztynuKosmowska-Ceranowicz B., 2012: Bursztyn w Polsce i na świecie. Wyd. Uniw. Warszawskiego, Warszawa, strona 257..