Tydzień później parlament zatwierdził go na stanowisku.
Jego druga kadencja została przesłonięta przez zamach stanu z czerwca 1998, dokonany przez generała Ansumane Mané. Mané 7 czerwca 1998 przejął kontrolę nad Bissau, domagając się usunięcia prezydenta João Bernardo Vieiry, który dzień wcześniej odsunął go ze stanowiska szefa sztabu. Walki rozlały się na cały kraj, powodując duże zniszczenia i wojnę domową. 1 listopada 1998 obie strony podpisały porozumienie w Abudży w Nigerii, zgadzając się na powołanie rządu jedności narodowej i przeprowadzenie wyborów parlamentarnych do marca 1999. 3 grudnia 1998 nowym premierem rządu jedności narodowej został Francisco Fadul.
Działalność 1999–2008 W maju 1999 prezydent Vieira został obalony przez rebeliantów, gdyż zamierzał przesunąć wybory parlamentarne z marca na koniec grudnia 1999. W listopadzie 1999 zorganizowano wolne wybory generalne, które wygrał Kumba Ialá. Carlos Correia 27 lipca 1999 został oskarżony o podburzanie do działań zbrojnych i finansowe wspieranie prezydenta Vieiry i zatrzymany na krótki czas"GUINEA-BISSAU: Fifteen former officials arrested", IRIN, 28 lipca 1999..