Ze względu na budowę zębów haramiidy były wcześniej zaliczane do rzędu wieloguzkowców. Niektóre nowsze analizy kladystyczne popierają pogląd o ich bliskim pokrewieństwie z wieloguzkowcami i przynależności do alloterów (ssaków bliżej spokrewnionych z łożyskowcami i torbaczami niż ze stekowcami). Haramiidy prawdopodobnie są grupą parafiletyczną, obejmującą allotery niebędące wieloguzkowcami. Inne analizy sugerują jednak, że nie są one blisko spokrewnione z wieloguzkowcami, lecz są grupą ssakokształtnych niebędących ssakami, choć blisko z nimi spokrewnioną.
Z analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Bi i współpracowników (2014) wynika, że zaliczane do haramiidów rodzaje Thomasia i Haramiyavia oraz rodzina Eleutherodontidae nie tworzą kladu, do którego nie należałyby również wieloguzkowce;