Na początku czerwca, pod auspicjami prezydenta Senegalu Abduolaye’a Wade, odbyły się rozmowy negocjacyjne, mające na celu zakończenie kryzysu politycznego i włączenie partii opozycyjnych w proces wyborczy. 4 czerwca 2009 strony podpisały porozumienie, wedle którego termin wyborów został przesunięty na 18 lipca 2009. Muhammad uld Abd al-Aziz potwierdził swoją rezygnację ze stanowiska szefa państwa, a władze i opozycja zgodziły się na utworzenie rządu jedności narodowej złożonego z wszystkich partii. Po osiągnięciu kompromisu opozycja zdecydowała się na udział w wyborach„Mauritanian coup leaders, opposition, agree end to crisis”, AFP, 4 czerwca 2009..
W czasie kampanii wyborczej Abd al-Aziz prezentował się jako „kandydat biednych”. Stwierdził, że wybory mogą zapoczątkować „zmiany na rzecz rozwoju Mauretanii”„Mauritanians vote for president under military rule”, AFP, 18 lipca 2009.. W wyborach prezydenckich z 18 lipca 2009 odniósł zdecydowane zwycięstwo. Według oficjalnych wyników zdobył 52,6% głosów poparcia i tym samym wygrał już w pierwszej turze głosowania. Jego dwaj główni rywale, Massaud uld Bu al-Chajr i Ahmad uld Daddah zdobyli odpowiednio 16,3% oraz 13,7% głosów poparcia.