1 marca 1996 roku, na bazie Katedry utworzono Instytut Prawa i Samorządu Terytorialnego, który z kolei 1 lutego 1998 roku został przemianowany na Instytut Prawa i Administracji, pozostając niezmiennie w strukturze Wydziału Humanistycznego WSP. W tym okresie nastąpił wzrost liczby pracowników naukowych. Kadrowe wzmocnienie Instytutu znalazło odzwierciedlenie we wzrastającej liczbie zrealizowanych projektów badawczych.
Połączenie trzech uczelni wyższych Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego i utworzenie 1 września 1999 r. Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego było dogodnym momentem dla organizacyjnego zaakcentowania wzrastającej roli Instytutu. Stąd też przy zrozumieniu władz Wydziału Humanistycznego przekształcanej Wyższej Szkoły Pedagogicznej, Instytut Prawa i Administracji opuścił jego strukturę, łącząc się z Wydziałem Zarządzania byłej Akademii Rolniczo–Technicznej. W wyniku tego utworzony został Wydział Zarządzania i Administracji, w którym Instytut ten stanowił jeden z zasadniczych podmiotów organizacyjnych z dwoma kierunkami naukowo–dydaktycznymi: prawa oraz administracji.