Do początku lat 30. XX wieku klasztor krośnieński (tak jak inne franciszkańskie konwenty na Podkarpaciu) podlegał prowincji we Lwowie, a następnie został podporządkowany prowincji w Krakowie .
Klasztor franciszkanów W obecnym kształcie architektonicznym klasztor został wzniesiony na przełomie XV i XVI w. Parterowe zabudowania posadowione zostały w południowo-wschodnim narożniku dawnych murów obronnych. Murowane piętro, wzniesione w 1591 r., ufundował Jerzy Mniszech, wojewoda sandomierski. Pierwotnie klasztor wchodził w skład większego, dobrze ufortyfikowanego kompleksu zabudowań, z których dwa skrzydła, zachowane do dziś, łączące się pod kątem prostym, nakrywał dach pogrążony, zwieńczony renesansową attyką. W latach 1438–1440 funkcję gwardiana w klasztorze sprawował późniejszy święty, Jan z Dukli.
W podziemiu sklepione piwnice. W refektarzu klasztornym drewniany, belkowany strop z końca XVI w. z łacińską inskrypcją, wyrytą na środkowym tragarzu. Wewnątrz kilka cennych obrazów z XVIII-XIX w. oraz bogata biblioteka.