Z tego czasu pochodzi zachowane do dziś w nawie kościoła sklepienie kolebkowe z lunetami, wsparte na wprowadzonych do wnętrza świątyni skarpach wewnętrznych, jak też kolebkowo – krzyżowe sklepienia kaplic bocznych. Wtedy też, na polecenie Portiusa, Petroni przebudował kaplicę śś. Piotra i Pawła (przylegającą od południa do nawy kościoła) na kopułowe mauzoleum rodziny Portiusów. W takiej formie, z niewielkimi już tylko zmianami, krośnieński kościół farny przetrwał do początku XX wieku, kiedy odrestaurowano i odsłonięto wiele zatartych wcześniej cech i elementów stylowych.
Polichromię ścian prezbiterium wykonał w 1899 r. Franciszek Daniszewski.
W czasie II wojny światowej uległa zniszczeniu sygnaturka, której nie odtworzono.
W roku 2004 archeolog Jan Gancarski prowadził wykopaliska w krypcie Fary, gdzie odkryto nieznane wcześniej sarkofagi biskupów.
17 września 2012 w bazylice została odsłonięta tablica upamiętniająca ofiary zbrodni katyńskiej związane z Krosnem;