Stanowią one doskonałe podłoże do rozwoju bakterii beztlenowych, m.in.: Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, Neisseria pneumococci, Actinomyces, Bacteroides, Prevotella intermedia oraz Fusobacterium nucleatum. W wyniku tego pojawiają się procesy gnilne i powstają substancje zapachowe zawierające siarkę (siarkowodór, merkaptan metylu i siarczek dimetylu), a formujący się detryt ma nieprzyjemny zapach. Opisany mechanizm tłumaczy predyspozycję do powstania kamieni migdałkowych u pacjentów z nawracającym ostrym lub przewlekłym zapaleniem migdałków podniebiennych.
Etiologia i skład Uważa się, że kamienie migdałkowe tworzą się w wyniku: odkładania się resztek pożywienia, gromadzenia się martwych białych krwinek, działania bakterii beztlenowych jamy ustnej, nadmiernej aktywności gruczołów wydzielniczych.
Składają się one z: nagromadzonych resztek pokarmu, komórek złuszczonego nabłonka, martwych białych krwinek, kryształów cholestyny, CaCO3, Ca3(PO4)2, drobnoustrojów.