Później przejęty został przez protestantów, a przed 1631 r. odzyskany przez katolików, po jego ponownym poświęceniu. Odnotowano też wtedy, że przykościelny cmentarz otoczony był murem, a plebania od dawna pozostawała nieużytkowana. W 1653 r. Kąty ponownie przyłączono do parafii w Strachocinie, a następnie do parafii lądeckiej, w której pozostaje do dziś.
Architektura Kościół w Kątach Bystrzyckich jest budowlą orientowaną, jednonawową, której styl można określić jako późnogotycki. Zbudowany został około roku 1541 i jego kształt pozostał niezmieniony do czasów współczesnych. Składa się z dwóch części – prosto zamkniętego prezbiterium, nakrytego dwuspadowym dachem oraz nawy, której dwuspadowy dach jest nieco podwyższony. Taki prosty układ wywodzi się jeszcze z budownictwa wczesnego gotyku 2 połowy XIII w. i jak na połowę XVI w. jest już bardzo archaiczny. Innymi elementami architektury kościoła, związanymi z tradycją gotyku są dwa kamienne krzyże maltańskie wieńczące dach nawy i prezbiterium. Portal, który ujmuje ostrołukowe boczne wejście do nawy zdobiony był laskowaniem wnikającym w węgarach w charakterystyczny ukośny zacios i reprezentował wczesny typ renesansowych obramień stosowany również w końcu XVI w.