Wiosną 1923 dokonano zmiany projektu budowlanego tak, aby umożliwić budowę kościoła zamiast kaplicy. W związku z tym komitet przekształcił się w Komitet Budowy Katolickiego Kościoła w Gdyni. 3 maja 1924 ks. Łowicki poświęcił kościół, stanowiący wotum dziękczynne za odzyskanie przez Polskę niepodległości. Dzięki wybudowaniu kościoła mieszkańcy Gdyni nie musieli już udawać się 3-kilometrową drogą do kościoła na Oksywiu.
Projekt architektoniczny nawiązuje do barokowych i renesansowych kościołów Polski centralnej. Fundamenty świątyni zostały zbudowane z kamieni balastowych przywiezionych przez jeden z pierwszych statków zagranicznych (SS Kentucky), które zawinęły do będącego w budowie portu. Kościół jest jednonawowy, przykryty sklepieniem kolebkowym, głównym akcentem elewacji frontowej jest wieża-dzwonnica. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Bożej Pocieszenia namalowany przez prof. Jana Rutkowskiego, będący darem wojewody pomorskiego Stanisława Wachowiaka.
25 stycznia 1984 kościół został wpisany do rejestru zabytków wraz z cmentarzem przykościelnym (zieleniec) i ogrodzeniem. W rejestrze zabytków województwa gdańskiego znajdował się pod nr 896, a obecnie w rej. woj. pomorskiego jest wpisany pod nr 1049.