Był stałym współpracownikiem czasopisma „”.
14 kwietnia 1896 roku został profesorem chemii organicznej i analitycznej na Uniwersytecie we Fryburgu, gdzie powierzono mu kierowanie laboratorium chemicznym na nowo powstałym wydziale nauk przyrodniczych. Przez następne miesiące zajmował się pracą administracyjną, organizując pracę laboratorium, mieszczącego się w dawnym składzie broni. 4 listopada 1896 odbyło się otwarcie pracowni, w której Bistrzycki razem z jedenastoma studentami kontynuował prace rozpoczęte w Berlinie.
Bistrzycki był lubianym i cenionym nauczycielem, oddanym swojej pracy. Studenci określali go mianem „Papa Bistrzycki”. Zabraniał on w laboratorium zajęć niezwiązanych z chemią, np. czytania gazet, jako naruszających genius loci pracowni.
Do przyjaciół Bistrzyckiego należeli Stefan Niementowski i Marceli Nencki. We Fryburgu Bistrzycki zawarł znajomość z Ignacym Mościckim. Jednym z asystentów Bistrzyckiego był Chaim Weizman. Doktorantami Bistrzyckiego byli m.in. Julian Flatau, K. Tymieniecki, Jan Wedel, Zofia Zaleska (żona Jana Mazurkiewicza), Kazimierz Nencki, Czamański, Sienicki, St. Jabłoński, Elżanowski, Borzuchowski, Sobolewski, Namysłowski. Spośród uczniów Bistrzyckiego stanowiska akademickie zajmowali m.in. William J.