Rok 2003. Broń zostaje ukończona. Akane dowiaduje się, że awansowała na pilota Kiryu – nowego biocyborga do walki z Godzillą. Jednak jeden z jej kolegów, Hayama, odnosi się wobec niej bardzo chłodno: uważa, że to z winy Akane jej brat zginął w 1999 roku. Dowódca grupy każe mu zostawić ją w spokoju, ale Akane czuje się niepewnie na swoim stanowisku.
Podczas prezentacji Kiryu Godzilla atakuje miasto. Kiryu, wysłany przeciwko niemu, łatwo radzi sobie z potworem. Nagle, gdy Godzilla wydaje ryk, Kiryu przestaje odpowiadać. Godzilla ucieka, a samoloty transportowe chcą zabrać Kiryu do bazy. Nagle maszyna atakuje je i rusza do ataku na miasto. Próba powstrzymania go kończy się zestrzeleniem jednego z samolotów. Dopiero po godzinie moc Kiryu się wyczerpuje. Premier podejmuje decyzję o zawieszeniu programu.
Yuhara odkrywa, że wykorzystanie DNA Godzilli w Kiryu sprawiło, że w chwili, gdy słyszy ryk Godzilli, budzi się w nim dusza Godzilli sprzed 50 lat.