Właściwe dzieje Yiheyuanu zaczynają się w 1750, kiedy to dla uczczenia 70. rocznicy urodzin swojej matki cesarz Qianlong rozkazał utworzyć w tym miejscu rezydencję o nazwie Ogród Czystych Fal (Qingyiyuan). Pogłębiono i poszerzono wówczas jezioro, nadając mu nazwę Kunming. Ziemia wybrana do wykopania jeziora posłużyła do usypania Wzgórza Długowieczności. W następnych latach przeprowadzono rozbudowę założeń parkowych i budowli, jednak miejsce to nie stanowiło miejsca letniego wypoczynku cesarzy, preferujących Yuanmingyuan i rezydencję w Chengde. Qingyiyuan doznał poważnych zniszczeń podczas interwencji wojsk angielsko-francuskich w trakcie II wojny opiumowej (1860).
W 1885 cesarzowa Cixi, z uwagi na brak funduszy pozwalających na ewentualną odbudowę doszczętnie zniszczonego Yuanmingyuan, nakazała wybudować nową letnią rezydencję cesarską na gruzach Qingyiyuan. Budowa, zakończona w 1889, sfinansowana była z funduszy mających służyć pierwotnie budowie floty oraz z handlu urzędami. Cała inwestycja pochłonęła 100 milionów taeli i zrujnowała chiński skarb. Od 1898 więziony był tu siostrzeniec Cixi – cesarz Guangxu.