W swoim górnym biegu zwana także Wielką Prądną.
Przebieg Źródła rzeki Prudnik znajdują się na północnych zboczach góry Czapka w Górach Opawskich na wschód od wsi Konradów. Na początkowym odcinku stanowi granicę Parku Krajobrazowego Góry Opawskie.. Przepływa przez wschodnią część Głuchołaz między Osiedlem Pionierów i Osiedlem Pasterówka. Następnie wpływa na obszar Obniżenia Prudnickiego i przepływa przez wsie Charbielin i Wierzbiec. Wpływa do miasta Prudnik, gdzie wpływa do niej jej największy dopływ Złoty Potok. W Prudniku przepływa w okolicy Taborów, Jasionowego Wzgórza, Górki, Młyna Czyżyka i Lipna. W pobliżu ul. Bolesława Chrobrego nad rzeką zbudowany został jaz z przepławką. Następnie przebiega przez Jasionę, Skrzypiec i Dytmarów, po czym wpływa na teren Czech. Przepływa obok miejscowości Slezské Pavlovice i wpływa do rzeki Osobłogi pomiędzy Racławicami Śląskimi i Pomorzowicami, w pobliżu tak zwanej „czeskiej tamy”.
Przyroda Dolina Prudnika i stawy w okolicach Slezskich Pavlovic są obszarem lęgowym żurawi i innego ptactwa wodnego. Teren ten objęty jest ochroną rezerwatową.