W latach 1975–1982 wybudowano kolejową obwodnicę Elbląga, przenosząc ruch pociągów poza miasto. Zlikwidowano jednocześnie dworzec Elbląg Miasto, a stacją początkową dla kolei stał się dawny Dworzec Wschodni.
Okres po 1989 roku Coraz mniejsze zainteresowanie podróżnych doprowadziło do znacznego ograniczenia ruchu pasażerskiego na trasie. W latach 90. znacznie zmalała również liczba turystów nad Zalewem, co także miało duży wpływ na rosnące problemy z utrzymaniem rentowności linii. Na początku 2006 r. trasę przemierzała tylko jedna para pociągów dziennie. 1 kwietnia 2006 ostatecznie zawieszono planowe połączenie na trasie Elbląg – Tolkmicko – Braniewo i od tego czasu na linii zdarza się jeszcze spotkać pociąg specjalny o charakterze turystycznym. Od 2007 r. miejscowe lobby stara się przejąć linię od PKP i uruchomić planowe pociągi turystyczne.