Po mistrzostwach znalazł się w Argentynie, w klubie Racing Club de Avellaneda, ale w 1987 kolejny raz wrócił do Nacionalu. I ten powrót był krótkotrwały, gdyż Aguilera wyjechał do Meksyku, by w sezonie 1987/88 grać w barwach klubu UAG Tecos. Od 1988 występował w barwach klubu CA Peñarol, z którym w 1989 zdobył mistrzostwo Urugwaju. Wziął także udział w turnieju Copa América 1989, gdzie Urugwaj zdobył tytuł wicemistrza Ameryki Południowej. Aguilera zagrał tylko w meczach fazy grupowej – z Ekwadorem, Boliwią, Chile i Argentyną.
W 1989 Aguilera przeniósł się do Europy, gdzie został piłkarzem włoskiego klubu Genoa CFC. Jako piłkarz genueńskiego klubu wziął udział w finałach mistrzostw świata w 1990 roku, gdzie Urugwaj dotarł do 1/8 finału. Aguilera wystąpił we wszystkich 4 meczach - z Hiszpanią, Belgią, Koreą Południową i Włochami.
W 1992 przeniósł się do AC Torino, z którym dotarł do finału Pucharu UEFA w sezonie 1991/92. W 1994 wrócił do Urugwaju, gdzie do końca kariery, czyli do 1999 roku, grał w klubie Peñarol.