W latach 1884–1890 wybudowano wschodnią bramę – dzwonnicę, otynkowano wnętrze i dobudowano kruchtę od strony południowej. W 1930 roku od strony wschodnie wybudowano dzwonnicę. Po śmierci proboszcza Walentego Kozłowskiego kapituła kolegiacka przestała istnieć, chociaż formalnie została to potwierdzone dopiero sto lat później w 1935 roku. 6 października 1941 roku wojska niemieckie rozpoczęły grabież kolegiaty. Skradziono między innymi dzwony z kurantami, obraz Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny z ołtarza głównego czy płytę nagrobną z XVI wieku. Kościół ponownie oddano wiernym po wyzwoleniu miasta, 27 stycznia 1945 roku. W roku 1952 odnowiono wnętrze kościoła. W 1970 roku Kardynał Stefan Wyszyński dokonał koronacji obrazu Matki Bożej Pocieszenia koronami papieskimi, a tytuł kościoła zmieniono na kościół pokolegiacki pod wezwaniem Matki Bożej Pocieszenia i św. Stanisława Biskupa Męczennika. W 2000 roku arcybiskup poznański przywrócił godność kolegiacką i powołał Kapitułę Kolegiacką Matki Bożej Pocieszenia i św. Stanisława Biskupa i Męczennika w Szamotułach. W 2008 roku kardynał metropolita krakowski Stanisław Dziwisz przekazał szamotulskiej kolegiacie relikwie św. Stanisława Biskupa.