Pększyc kierował kilkoma kursami wojskowymi. Między innymi dwumiesięcznym kursem wojskowym w Rabce (28 czerwca – 20 sierpnia 1913, 16 uczestników), oficerskim kursem wędrownym – Kraków, Brzesko, Tarnów, Lipnica Murowana, Gdów (4–10 kwietnia 1914 roku, 37 uczestników), kursem w Nowym Sączu (15–30 lipca 1914, 140 uczestników).
I wojna światowa Franciszek Pększyc zaraz po wybuchu wojny został zmobilizowany i wysłany na front serbski do walk przeciw Czarnogórze, gdzie brał udział w walkach pod Gackiem (14–15 sierpnia). Po kilku dniach zdezerterował, przedostał się do Galicji i przyjąwszy pseudonim Grudziński zameldował się 30 sierpnia 1914 roku do Kwatery Głównej Legionów Polskich w Kielcach. Natychmiast został komendantem batalionu rekruckiego (VI), złożonego z 500 ludzi, głównie świeżych ochotników z Królestwa. Po dziesięciu dniach batalion wysłano do Choczni, gdzie Pększyc kierował jego ćwiczeniami jeszcze dwa tygodnie. 25 września wrócił do 1 pułku piechoty Legionów Polskich, gdzie w Gręboszewie objął komendę drugiej kompanii I batalionu. Był bardzo wymagającym dowódcą, podnoszącym nieustanie wyszkolenie podległych mu żołnierzy.