Posiadały wówczas 11 lokomotyw, 7 wagonów osobowych i 387 wagonów towarowych.
Okres PRL II wojnę światową BWKD przetrwały bez większych uszczerbków. Po wojnie wznowiły działalność. Na przełomie 1948/49 roku koleje zostały znacjonalizowane i przejęte przez Polskie Koleje Państwowe. W latach pięćdziesiątych niektóre odcinki zostały zamknięte. Niechętna wobec kolei wąskotorowych polityka PKP oraz szybki rozwój transportu samochodowego z czasem prowadziły do znacznego ograniczania prawie wszystkich linii kolei wąskotorowych i BWKD również to nie ominęło. W 1989 roku pozostały czynne 162 kilometry linii, a w następnych latach likwidowano kolejne połączenia. 1 stycznia 1994 ruch kolejowy na linii Bydgosko-Wyrzyskich Kolei Dojazdowych został ostatecznie zamknięty.
Część taboru BWKD przekazano Żnińskiej Kolei Powiatowej (która wówczas była jeszcze mieniem PKP pod nazwą Żnińska Kolej Dojazdowa; trafił tam m.in. parowóz Px38 oraz lokomotywy Lyd2) oraz powstałej w 1996 Myślęcińskiej Kolei Parkowej w Bydgoszczy. Niektóre wagony zostały zezłomowane, około 70 wagonów znalazło się też pod opieką Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Pile.