Przy wsparciu ks. dra Otta Kussa studiował filozofię i teologię na Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu Wrocławskiego. Święcenia kapłańskie przyjął z rąk kard. Adolfa Bertrama 1 sierpnia 1937 roku. W tym samym roku, 17 grudnia obronił dysertację napisaną pod kierunkiem egzegety ks. , pt. „Wiara w czwartej Ewangelii” ().
Jako prezbiter archidiecezji wrocławskiej pracował w Kwietnikach koło Bolkowa, Parafii Świętych Aniołów Stróżów w Wałbrzychu, Wrocławiu oraz Złotoryi. Zaraz po wojnie duszpasterzował też wśród przybywających ze Wschodu Polaków, posługując się językiem polskim. W 1946 został zmuszony do opuszczenia Śląska. Mieszkał kolejno w: Dillingen nad Dunajem, Paderborn i Würzburgu.
Habilitował się w 1947 roku. Od 1948 roku wykładał na Uniwersytecie Monachijskim. Od 1952 roku był profesorem nadzwyczajnym egzegezy w Kolegium Filozoficzno-Teologicznym w Dillingen. Od 1955 roku wykładał na Uniwersytecie Ottona i Fryderyka w Bambergu. W latach 1957–1982 wykładał Nowy Testament na Uniwersytecie Juliusza i Maksymiliana w Würzburgu. Był też duchowym przewodnikiem Wspólnoty Sant’Egidio w tym mieście. W 1964 Schnackenburg otrzymał godność prałata.