Podczas pracy w ministerstwie spraw wewnętrznych opowiadał się za pomocą nacjonalistom baskijskim, przebywającym na emigracji we Francji z powodu wojny domowej w Hiszpanii. Wstąpił nawet do organizacji Liga Przyjaciół Basków. Po zajęciu kraju przez wojska niemieckie w czerwcu 1940 r., przyjechał do Rennes w Bretanii, gdzie zaangażował się w działalność w nacjonalistycznym ruchu bretońskim. Opracował projekt statutu autonomicznego Bretanii i pracował nad stworzeniem ruchu czerpiącego ze zwyczajów bretońskich. Założył gazetę "La Bretagne", reprezentującą regionalistyczne podejście w bretońskim ruchu nacjonalistycznym. Powołał Komitet Przyjaciół Bretanii, rozpoczynając kampanię o pozyskanie przez Bretanię szeregu praw administracyjnych, oświatowych, społecznych i gospodarczych. Od kwietnia 1942 r. był dyrektorem politycznym gazety "La Dépêche", wydawanej w Morlaix, która wchłonęła zespół redakcyjny "La Bretagne". W tym samym roku objął funkcję sekretarza generalnego Komitetu Konsultacyjnego Bretanii. Był też członkiem Instytutu Celtyckiego Bretanii. Po wylądowaniu wojsk alianckich w Normandii w czerwcu 1944 r., przeniósł się do Pacé. Po wyzwoleniu Bretanii wydawanie "La Dépêche" zostało zawieszone. 10 sierpnia tego roku Yann Fouéré został aresztowany.