Z upoważnienia papieża zostały usunięte przez Rafaela, który wypełnił je własnymi malowidłami.
Często zmieniał miejsce zamieszkania. Działał głównie na prowincji: w Bergamo (1513–1525) i Treviso (1503–1506, 1532, 1542) oraz w miasteczkach regionu Marche: (Ankona, Cingoli, Jesi, Loreto, Macerata, Recanati). W Wenecji przebywał w latach 1525–1530, 1540–1541 i 1545–1549. Przyjaźnił się z weneckim rzeźbiarzem i architektem Jacopo Sansovinem, który organizował sprzedaż jego obrazów i wspomagał go finansowo. W 1552 na stałe zamieszkał w Loreto. Dwa lata później został bratem oblatem w loretańskim klasztorze Santa Casa.
Przez ponad 300 lat był zupełnie zapomniany. Jego niesygnowane obrazy przypisywano m.in. Giorgionemu i Hansowi Holbeinowi. Odkryto go na nowo i doceniono dopiero w XIX w. W 1887 w weneckim archiwum odnaleziono testament Lotta, a kilka lat później w Loreto jego prywatną księgę rachunkową. W 1895 ukazała się pierwsza biografia artysty, którą opracował amerykański history sztuki Bernard Berenson. Po II wojnie światowej zorganizowano duże wystawy prac Lotta w Wenecji, Londynie i Paryżu.