W październiku 1943 przeniesiono go do obozu Herzogenbusch, gdzie pełnił funkcję Schutzhaftlagerführera.
Od maja 1944 był zastępcą komendanta Neuengamme Maxa Pauly i jednocześnie komendantem podobozów Neuengamme. Również tu Strippel należał do najbardziej okrutnych strażników SS. Jego najsłynniejszą zbrodnią w kompleksie obozowym Neuengamme było kierowanie w kwietniu 1945 w podobozie Bullenhuser Damm zabójstwem 20 dzieci, na których pseudoeksperymenty medyczne przeprowadzał lekarz SS Kurt Heissmeyer. Zginęło wówczas również 28 więźniów Neuengamme. Strippel był organizatorem całej zbrodni, wykonawcą Alfred Trzebinski.
Po zakończeniu wojny początkowo ukrywał się, ale w 1948 został rozpoznany przez byłego więźnia Buchenwaldu, którego torturował. Strippela aresztowała policja zachodnioniemiecka, a jego proces rozpoczął się 31 maja 1949 we Frankfurcie nad Menem. Postawiono mu zarzut zamordowania 21 więźniów żydowskich w Buchenwaldzie i maltretowania wielu innych. Skazano go na 21-krotne dożywocie i dodatkowe 10 lat pozbawienia wolności. 21 kwietnia 1969 Strippel opuścił więzienie w Butzbach i pięć miesięcy później rozpoczął się kolejny proces w związku z jego zbrodniami w Buchenwaldzie.