Do najbardziej znaczących dzieł Witkowskiego należą: Apophtegmata abo subtelne powieści z ksiąg Plutarcha y różnych philozophów... (1615) i zwłaszcza Złota wolność koronna seymom i zjazdom... (1609). W tym drugim dziele nawoływał do zniesienia prawa neminem captivabimus, poskromienia zbytków i niezgód, etcStanisław Tarnowski - Stan i charakter literatury politycznej, Ośrodek Myśli Politycznej, 2005.
Ważniejsze utwory Upomnienie Korony Polskiej, brak miejsca wydania (1608), przedr. J. Czubek Pisma polityczne z czasów rokoszu Zebrzydowskiego 1606-1608, t. 1, Kraków 1918, s. 322 Sen duchowny w dniu Bożego Narodzenia, brak miejsca wydania (1609) Złota wolność Koronna, Kraków 1609, drukarnia S. Kempini Sapho słowieńska na grzmotną sławę z zwycięstwa smoleńskiego, Kraków 1611, drukarnia A. Piotrkowczyk Wanda, na szczęśliwe zwrócenie Jego Królewskiej Miłości z zwycięstwa moskiewskiego, Kraków 1611, drukarnia A. Piotrkowczyk O nadzwyczajnych poborach, brak miejsca wydania 1613, egz. obecnie nieznane; fragm. podał H. Juszyński Dykcjonarz poetów polskich, t. 2, Kraków 1820, s. 332, (rozprawa przeciw poborcom celnym) Apophtegmata abo subtelne powieści z ksiąg Plutarcha i różnych filozofów, cesarzów, królów..., Kraków 1615, drukarnia A. Piotrkowczyk; 3 fraszki przedr. J. Tuwim Cztery wieki fraszki polskiej, Warszawa 1937;