Współczesny port w Pakoštane ma charakter lokalnej przystani dla mniejszych jednostek. Według przewodnika żeglarskiego eNavtika przy południowym pirsie znajduje się około 10 miejsc cumowniczych, z głębokością 2–3 m, natomiast w północnej części portu głębokość wynosi około 1–1,5 m, co ogranicza możliwość postoju do mniejszych łodzi motorowych.
Rzymski falochron Jednym z elementów dawnego portu była podwodna bariera biegnąca od Janic w kierunku wyspy Sv. Juština. W publikacji archeologicznej zaznaczono, że nie jest pewne, czy miała ona charakter naturalny, czy sztuczny, ale zapewniała portowi ochronę przed wiatrami południowymi. Znaczenie miejsca zwiększało również położone przy brzegu źródło wody pitnej. Autorzy badań wysunęli hipotezę, że Pakoštane mogło być portem antycznej Asserii, ważnego ośrodka liburnijsko-rzymskiego położonego w głębi lądu.
Zatopione wraki statków W akwenie Pakoštane, zwłaszcza w rejonie wysepek położonych naprzeciw miejscowości, zarejestrowano kilka stanowisk podwodnego dziedzictwa archeologicznego. Do najważniejszych należą późnoantyczny wrak przy Veli Školj, antyczny wrak przy Babuljašu oraz nowożytny brodolom wpisany do chorwackiego rejestru zabytków.