W 1534 roku ożenił się z Gertrudą von Zitzewitz.
Od początku lat 30. XVI wieku zaczął popierać nauki Marcina Lutra. Mając wysoką pozycję w administracji kościelnej i państwowej Pomorza, działał na rzecz ruchu protestanckiego. Będąc kanclerzem na dworze Barnima IX, był głównym organizatorem i sprawcą zwołania sejmu trzebiatowskiego, który wprowadził luteranizm na Pomorzu Zachodnim jako religię państwową. Wspólnie z Janem Bugenhagenem prowadził wizytacje w parafiach i klasztorach pomorskich oraz był współorganizatorem struktur Pomorskiego Kościoła Ewangelickiego. Prowadził negocjacje z biskupem kamieńskim Erazmem von Manteuffelem. Starał się bezskutecznie nakłonić go do przyjęcia Ordynacji Kościelnej Bugenhagena i przejścia na luteranizm. W 1544 roku został mianowany superintendentem kołobrzeskim.
12 kwietnia 1545 roku kamieńska kapituła katedralna wybrała Bartłomieja Swawe biskupem pomorskim. 5 maja 1545 roku odbyła się jego instalacja w Kamieniu Pomorskim. 12 października 1545 roku Bartłomiej Swawe działając według Ordynacji Kościelnej zrzekł się w Koszalinie praw do dominium i przekazał formalnie zwierzchnictwo nad biskupstwem książętom pomorskim. Oznaczało to całkowite zerwanie związków diecezji kamieńskiej ze Stolicą Apostolską.