Do ochrony kraju powołał regularną armię, która łącznie z wojskami najemnymi liczyła 100 tysięcy żołnierzy, budował nowe drogi, odrestaurował twierdze obronne krzyżowców, przyczynił się do rozwoju rolnictwa, a w szczególności produkcji jedwabiu, z której słynęły góry Szuf i region Sydonu. Książę nawiązał kontakty z Florencją, Wenecją i Francją, a cudzoziemscy kupcy przyciągnięci korzystnymi przywilejami, zakładali swe filie handlowe w portach libańskich. Sprowadzał do kraju architektów i ekspertów europejskich, a także misjonarzy francuskich, którzy założyli liczne ośrodki na terenie całego Libanu. Fachr ad-Din II, umocniony w swojej władzy, zawarł w 1608 r. traktat z wielkim księciem Toskanii – Ferdynandem I Medycejskim, zawierający tajną klauzulę antyturecką. Wywołało to natychmiastową reakcję sułtana osmańskiego, który wysłał karną ekspedycję przeciwko zuchwałemu księciu. W 1613 r. silna armia turecka wyruszyła drogą lądową, a flota zaatakowała wybrzeże. Fachr ad-Din II nie chcąc narazić kraju na zniszczenia udał się dobrowolnie na wygnanie do Florencji. W tym czasie zmieniła się na jego korzyść sytuacja polityczna w imperium osmańskim i książę za zgodą nowego paszy Damaszku powrócił do kraju w 1618 r. Witali go wówczas nawet dawni jego wrogowie.