W słowie sterującym układu INTEL 8253 zawarte są informacje dotyczące trybu w jakim ma pracować licznik, sposobu liczenia, czynności jaką ma wykonać (zapis/odczyt) oraz numer licznika, którego operacja dotyczy.
Przed inicjalizacją trybu pracy, zawartość i wyjście każdego licznika są niezdefiniowane. Aby wpisać słowo programujące na wejściach A0 i A1 musi pojawić się wysoki poziom sygnału. Dopiero gdy tak się stanie, słowo programujące zostaje zapisane. W kolejnym kroku do układu wprowadzona zostaje dana zawierająca wartość początkową licznika. W związku z tym, że każdy z liczników jest programowany indywidualnie, musimy przesłać do rejestru słowa sterującego trzy różne instrukcje sterujące.
Operacja zapisu Operacja zapisu możliwa jest w chwili, gdy wartości WR i CS będą równe 0. Wówczas otwarta zostaje magistrala danych i możliwe jest wprowadzanie informacji.
Programowanie układu 8253 odbywa się w dwóch etapach: etap pierwszy, podczas którego ustalamy tryby pracy dla poszczególnych liczników oraz etap drugi, w czasie którego ustawiamy dla każdego z nich wartości początkowe.