Gdy wojna się skończyła, mimo uzyskania wysokiego stopnia podpułkownika w armii Unii, zaakceptował 4 maja 1866 roku stopień porucznika w 4. pułku kawalerii. Nigdy nie służył w tej jednostce i wkrótce otrzymał nominację na kapitana w 7. pułku kawalerii z przydziałem do Fortu Riley w północno-wschodnim Kansas, jako dowódca kompanii „I” pod dowództwem podpułkownika Custera.
Ostatnie dni W izolowanym garnizonie na dalekim Zachodzie życie nie było łatwe. Żołnierze i oficerowie często popadali w alkoholizm. Keogh również nie stronił od trunków, ale nie popadł w nałóg, który stał się początkiem końca kariery wielu jego kolegów. Pewnego razu napisał: „Brak nadmiernej wrażliwości to droga do sukcesu...”. Lubiły go kobiety i chociaż nigdy się nie ożenił, zdjęcie siostry kolegi-oficera Thomasa McDougalla miał przy sobie w ostatniej bitwie.
Latem roku 1874 Keogh udał się na długie 7-miesięczne wakacje właśnie w tym samym czasie, gdy Custer przedsiębrał swoją kontrowersyjną wyprawę poprzez Black Hills. W czasie tego drugiego pobytu w ojczyźnie scedował rodzinną posiadłość Clifden w Kilkenny na siostrę Margaret. Cieszył go pobyt w ojczyźnie oraz fakt, że może pomóc siostrze po śmierci rodziców.