Geneza mały|250px|Biskup Innocenty (Figurowski) na tle cerkwi Świętych Nowomęczenników Chińskich w Pekinie mały|250px|Bazyli (Yao) w dniu swojej chirotonii biskupiej Chiński Kościół Prawosławny jest kontynuatorem działalności rosyjskiej misji prawosławnej, istniejącej w Chinach w latach 1727–1955. Wskutek jej aktywności do 1916 w Chinach wytworzyła się ponad dziesięciotysięczna społeczność prawosławna, złożona zarówno z Rosjan zamieszkujących w tym kraju, jak i z nawróconych na prawosławie Chińczyków, stanowiących połowę tej grupy. W 1918 stojący na czele misji archimandryta Innocenty (Figurowski) został pierwszym biskupem Pekinu, nadal w jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
W 1922, wobec trwania w Rosji wojny domowej i prześladowań Cerkwi, działające w Chinach duchowieństwo prawosławne przeszło w jurysdykcję Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji. Powołał on eparchię pekińską oraz eparchię harbińską, przy równoległym funkcjonowaniu misji. Dopiero w 1945 całość prawosławnych organizacji w Chinach znalazła się na nowo w jurysdykcji patriarchy Moskwy. Od 26 października obszar Chin obejmowała Metropolia Chin i Korei, przemianowana w roku następnym na Egzarchat Azji Wschodniej ze stolicą w Harbinie.