Przyczyniła się do powstania orkiestry kameralnej Sinfonietta Cracovia, stanowiącej oficjalną orkiestrę Krakowa. W 1997 zorganizowała wraz z Centrum Sztuki „Studio” koncert charytatywny na rzecz powodzian z udziałem Sinfonii Varsovii, Yehudiego Menuhina, Chóru Filharmonii Narodowej oraz solistów (w tym Ewy Pobłockiej). W tym samym roku zainicjowała cykl „Koncerty Wielkich Mistrzów – Elżbieta Penderecka zaprasza”, prezentując takich artystów jak Mstisław Rostropowicz, Jessye Norman czy Simon Estes. W latach 1996–2000 była przewodniczącą rady programowej Festiwalu Kraków 2000 – Europejskie Miasto Kultury, a w 1998 dyrektorem artystycznym Festiwalu Krzysztofa Pendereckiego. W 1997 zorganizowała pierwszy Wielkanocny Festiwal Ludwiga van Beethovena, który przez pierwsze siedem lat odbywał się w Krakowie, a w 2004 został przeniesiony do Warszawy.

W 2003 objęła funkcję prezesa Stowarzyszenia im. Ludwiga van Beethovena. Została także dyrektorem generalnym festiwalu pianistycznego, zapoczątkowanego w 2004 w Warszawie i stanowiącego kontynuację festiwalu „Mistrzowie fortepianu – wielkie talenty”.